Pierwszy Zakład Mikrobiologii powstał tuż po zakończeniu II wojny światowej, na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Warszawskiego i miał siedzibę w budynku Państwowego Zakładu Higieny przy ul. Chocimskiej. W 1950 r., po wyodrębnieniu Akademii Medycznej ze struktur Uniwersytetu, zakład otrzymał własne pomieszczenia przy ul. Chałubińskiego, które nadal zajmuje.
Twórcą placówki i jej pierwszym kierownikiem, w latach 1945-1965, był wybitny mikrobiolog i immunolog prof. dr hab. Edmund Mikulaszek.
W latach 1965-1970 Zakładem Mikrobiologii kierował prof. dr hab. Henryk Walecki, wcześniej zatrudniony w Pracowni Błonicy i Krztuśca w Zakładzie Bakteriologii PZH. Profesor Walecki jest twórcą skutecznych szczepionek stosowanych w powojennej Polsce. Następnym kierownikiem był prof. dr hab. Henryk Osowiecki (1970-1992; w czasie tej kadencji, przez krótki czas także Prof. Mirosław Łuczak). Profesor pasjonował się genetyką bakterii.
W 1979 roku przeprowadzono reorganizację jednostki, z Zakładu Mikrobiologii i Immunologii został wyodrębniony Zakład Wirusologii (kierownik prof. Michał Korbecki), a Zakład Mikrobiologii i Immunologii został przekształcony w Zakład Bakteriologii Klinicznej. Kolejnym kierownikiem była absolwentka warszawskiej Akademii Medycznej prof. dr hab. Felicja Meisel-Mikołajczyk (w latach 1992-1997). Pani Profesor jest jedną z czołowych postaci polskiej mikrobiologii. Większość swojej pracy poświęciła bakteriom beztlenowym. Jako pierwsza w Polsce zajęła się chorobotwórczością pałeczek beztlenowych Bacteroides fragilis i innych jak Prevotella, Porphyromonas oraz Clostridium (obecnie Clostridioides) difficile. Zainteresowanie bakteriami beztlenowymi chorobotwórczymi dla ludzi przekazała kolejnym pokoleniom pracowników. Obecnie, w pracowni beztlenowców Katedry nieprzerwanie kontynowanie są badania dotyczące zakażeń C. difficile, Bacteroides spp. oraz Fusobacterium spp. Pani profesor została odznaczona Krzyżem Kawalerskim oraz Złotym Krzyżem Zasługi.
W latach 1997-2008 kierownictwo objął prof. dr hab. Mirosław Łuczak, odznaczony w 2010 r. przez Prezydenta RP za wybitne zasługi w dziedzinie medycyny i farmacji, oraz za osiągnięcia w pracy dydaktycznej. W czasie kadencji pana Profesora, w 1998 r. Zakład Wirusologii włączono do Zakładu Mikrobiologii Lekarskiej, który ostatecznie został podniesiony do rangi Katedry. Od 2008 do 2021 r. roku placówką kierowała prof. Grażyna Młynarczyk, która zainicjowała powstanie pracowni genetyki bakterii w Katedrze. Obecnie funkcję Kierownika pełni Pani Profesor Hanna Pituch.
KIEROWNICY
- 1945-1965 - prof. dr hab. Edmund Mikulaszek
- 1965-1970 - prof. dr hab. Henryk Walecki
- 1970-1992- prof. dr hab. Henryk Osowiecki
- 1992-1997- prof. dr hab. Felicja Meisel-Mikołajczyk
- 1997-2008 - prof. dr hab. Mirosław Łuczak
- 2008-2021- prof. dr hab. Grażyna Młynarczyk
- od 2021 - prof. dr hab. Hanna Pituch